Familia procedente de la casa Duquea de Irañeta. Juan Bautista Huarte Astiz, nacido en Irañeta, participó junto a Espoz y Mina en la guerra de la Independencia y posteriormente en la campaña de Cataluña de 1823. Sus hijos Francisco y José María Huarte Callis fundaron en 1845 un colegio privado, el Colegio Huarte, en la bajada de Javier de Pamplona, pronto trasladado a la calle Mayor en dos sedes sucesivas, institución que fue de gran importancia docente, reconocida en 1896 por la Junta Provincial de Instrucción Pública con la medalla de oro. José María Huarte fue concejal y teniente de alcalde del Ayuntamiento de Pamplona. En 1867 su hermana Mercedes Huarte abrió un colegio para señoritas en la calle Nueva de Pamplona, que se completó en 1921 con una escuela para niñas. Continuaron su estela al frente del colegio Alberto Huarte Machín, hijo de Francisco, que también fue presidente del Orfeón Pamplonés y de la Sociedad de Conciertos Santa Cecilia. Su hijo José Antonio de Huarte y Jáuregui (Pamplona, 1892 - 1968) fue violinista, profesor y crítico musical. Su otro hijo José María de Huarte y Jáuregui (Pamplona, 1898 - Madrid, 1969) ingresó en 1921 como funcionario del Archivo de Navarra y en 1927 accedió a su dirección, que ejerció hasta 1936. Anteriormente había sido vocal de la Comisión de Monumentos de Navarra, director de su Boletín, secretario del Consejo Navarro de Cultura y llegó a ser académico correspondiente de la Real Academia de la Historia y de la de Bellas Artes. Escribió numerosos trabajos sobre historia, genealogía y heráldica, entre los que destaca, junto con José de Rújula, el Nobiliario de Navarra. Nobleza ejecutoriada en los Tribunales Reales de Corte y Consejo de Navarra (1519-1832) (Madrid, 1923)
El fondo fue adquirido en 1996, 1997, 2014, 2017, 2018 y 2019 a varios anticuarios.
En 2018 se recibieron por donación de Mª Rosario Solchaga, viuda de Alberto Huarte Myers, 47 cajas de documentación, además del archivo musical de la familia.
